故事发生在热闹的蓝鲸市，桂宝（王云飞 配音）是一个半吊子科学家，成天发明的尽是一些稀奇古怪的玩意儿，惹出了不少的麻烦，也闹了许多笑话。因此，忍无可忍的市长颁布了禁令，禁止桂宝再搞发明。

这是一场在瑰丽奇幻的思量岛上发生的关于阴谋与救赎的故事。从主角镜玄探寻父母逝世真相的事件切入，一步步揭开思量岛上的秘密往事，同时展现了一群年轻人为了各自的人生目标努力蜕变成长、挣脱枷锁的故事。

本片以孙敬修广播版《西游记》为蓝本，以 孙敬修爷爷讲故事的形式向孩子们讲述孙悟 空、猪八戒、沙僧三人保护唐僧西行取经， 战胜艰难险阻，一路降妖除怪的故事。

百集动画片《孔子》投资近5000万元，起用了强大的幕后创作团队。国学大师季羡林生前曾担任动画片的总顾问并亲自题写片名。剧本前半部分主要由张艺谋御用“金牌编剧”李冯负责，后半部分由著名作家叶兆言执笔，最后再由山东省作协主席张炜统筹全稿，并填写了动画片的主题曲《我是你的芬芳》和《永远的怀念》。央视主持人刘纯燕担任了动画片的配音导演，还在片中为孔子的“红颜知己”兰花配音。孔子后人、著名音乐家孔祥东为动画片谱曲，国画家范曾在动画片的人物设计方面也给予了许多指导。