现正在白泉社旗下的少女漫画杂志《LaLa》上刊载的《夏目友人帐》，于白泉社的《夏目友人帐》官网上突然更新了一个天大喜讯——在2月24号发售的《LaLa 4月号》，《夏目友人帐》将会迎来一个重大发表! 是TV动画第三期吗?

高中生夏目本来可以拥有平凡的高中生活，但是，他却能看到妖怪，并因此而苦恼。很多次，他都差点被妖怪夺去性命。

历经了千年的繁华，巍峨帝都早已从内部腐烂，拥有邪魔灵魂的统治者，正引领文明走向毁灭。为了解除村庄的困境，拥有绝赞剑术的少年塔兹米（齐藤壮马 配音）独闯帝都。此时帝都至高无上的皇帝还只是不谙世事的孩子，国家的实际操纵者大臣只手遮天，是帝都腐朽的根源。历经一波三折，塔兹米被曾经骗过自己的雷欧奈（浅川悠 配音）强行拉入一个神秘组织Night Raid。Night Raid是一支令帝都所有权贵富贾闻风丧胆的暗杀集团，他们是革命军下辖的秘密特殊部队，其最终目标是颠覆大臣的统治。在娜杰塔（水野理纱 配音）的领导下，赤瞳（雨宫天 配音）、雷欧奈等绝世高手云集其下。塔兹米的命运由此发生转折，而接二连三更大的纷争则将其引向未知的彼方……

故事发生在桃园高中之内，加贺良介（下野紘 配音）是学校里出了名的好色之徒，对美少女的一切都十分热衷。某日，良介偶遇了名为丽萨菈（远藤绫 配音）的神秘女子，其真实身份竟是出身名门的死神，在阴差阳错之下，良介和丽萨菈签订了契约，他所要付出的代价竟然是他的色欲之魂。

对于班级里的同学来说，橘梅（茅野爱衣 配音）是个怪人，个性阴沉不说，独来独往的作风也让人无法忍受。而对于橘梅来说，曾经被背叛的经历让她对每一个接近自己身边的人充满着防御和戒备。这样的高中生活，可能就要在嘲笑和欺负中惨淡度过了。一次意外中，橘梅居然踢伤了在学校有超高人气的帅哥黑泽大和（樱井孝宏 配音），令本以为要挨揍的橘梅意外的是，黑泽居然笑着提出了成为朋友的请求。

炼金术，一种建立在等价交换原则基础上的科学，将物质进行理解、分解、再构造，将一种物品变成另外一种。但是，这样先进的技术却不能进行人体炼成，这是炼金术绝对的禁忌。可是，拥有极高炼金术天赋的爱德华（朴璐美 配音）和阿尔冯斯（钉宫理恵 配音）兄弟，因为对母亲极大的思念不惜触犯禁忌。而最终的代价却是，爱德华失去了一条手臂和一条腿，弟弟阿尔冯斯只能将灵魂依附在一副巨大的装甲之内。终于明白一切的兄弟俩，为了恢复原状，寻求更多的炼金术知识，成为国家炼金术师踏上了寻找终极炼金物品——贤者之石的旅程。在不断的探索中，两兄弟终于发现了贤者之石背后的真相，对身处的这个军事化国家也有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭……炼金术的未来究竟在何处。

魔法使一族的野心使他们为了获取更强的力量，促使他们唤醒了不该唤醒的东西，世界的毁灭近在眼前。只有最强的魔法使公主锁部叶风（泽城美雪 配音）才能阻止这一切的发生，但被部下锁部左门（小山力也 配音）暗算的叶风被困在了施了结界的无人岛上。高中二年级学生泷川吉野（内山昂辉 配音）的好友不破真广（丰永利行 配音）的妹妹不破爱花（花泽香菜 配音）被入室抢劫犯所杀，但是真广却认为妹妹的死疑点重重。为了调查妹妹的死因，真广通过海上的漂流人偶和锁部叶风达成秘密交易。