历经了千年的繁华，巍峨帝都早已从内部腐烂，拥有邪魔灵魂的统治者，正引领文明走向毁灭。为了解除村庄的困境，拥有绝赞剑术的少年塔兹米（齐藤壮马 配音）独闯帝都。此时帝都至高无上的皇帝还只是不谙世事的孩子，国家的实际操纵者大臣只手遮天，是帝都腐朽的根源。历经一波三折，塔兹米被曾经骗过自己的雷欧奈（浅川悠 配音）强行拉入一个神秘组织Night Raid。Night Raid是一支令帝都所有权贵富贾闻风丧胆的暗杀集团，他们是革命军下辖的秘密特殊部队，其最终目标是颠覆大臣的统治。在娜杰塔（水野理纱 配音）的领导下，赤瞳（雨宫天 配音）、雷欧奈等绝世高手云集其下。塔兹米的命运由此发生转折，而接二连三更大的纷争则将其引向未知的彼方……

永远的“6时59分”开始了——

从很小的时候起，在母亲的引导和教导下，有马公生（花江夏树 配音）便将成为优秀的钢琴师当做了自己的毕生理想，一路走来，亦斩获了不少佳绩。不幸的是，在11岁那年，有马的母亲去世了，而有马亦再也无法听见自己所演奏的琴声，如此一来，他同自己最初的梦想渐行渐远。

外表平凡的安艺伦也（松冈祯丞 配音）是一个标准的御宅族，对ACG文化十分着迷的同时，亦是同时游戏社团的制作人。某日，安艺伦也遇见了名为加藤惠（安野希世乃 配音）的少女，尽管走在人群中的惠毫不起眼，没有任何特色，但安艺伦也还是情不自禁的喜欢上了这个身上散发着奇妙气场的少女。

故事发生在一个虚构的世界之中，在这里，突然之间出现了古代王朝遗迹群，人们称之为“迷宫”。在迷宫里，隐藏着数之不尽的宝物，而其中最为人津津乐道的，就是被称为“魔神金属器”的魔器。然而，想要得到这些宝物却并不是一件容易的事情，与之相伴的，是无处不在的危险和敌人。

住在以第七迷宫为中心的城镇，支乡的年轻人阿里巴巴，通过做着车夫的打工逐渐实现着自己攻略迷宫，成为大富翁的梦想。这样的一天，他与为寻找『魔神的金属器』而旅行着的迷之少年，阿拉丁相遇了。阿里巴巴在目睹了潜藏于他所持有的笛中的『乌戈君』的力量后，向阿拉丁提出了共同进行迷宫攻略的邀请。 魔笛MAGI第二季全集动画预定播放内容为原作的大圣母篇。

表面看来，安艺伦也（松冈祯丞 配音）只是一个平凡的少年，实际上，他还有另一重身份——同人游戏社团“Blessing software”的制作人。一次偶然中，伦也邂逅了名为加藤惠（安野希世乃 配音）的可爱女孩，发现了加藤惠独特魅力的伦也，决定让她成为自己制作的GAL游戏的女主角。