反恐特战队队长钟原在执行任务中，击毙猛犸组织二号人物引来复仇。在解救妻子赵欣的行动中钟原被注射病毒倍受折磨。DK生物公司董事长江寒邀请初恋情人、生化专业高材生的赵欣及其父亲参加公司“有益菌”研究。反恐指挥中心根据T国请求选派“专家”潜入公司。痛失爱子的赵欣主动请缨“退出现役”、深入虎穴。接二连三的恐怖事件，使“新纪元计划”逐渐浮出水面。被病痛折磨的钟原率领乔大鹏、麦萌萌等特战队员绝地出击，在爱妻赵欣和五年前“失踪”的战友陆豪的配合下，成功粉碎了恐怖组织连环阴谋和生化袭击，揭开了江寒以“有益菌”为载体制造病毒的真实面目。

1937年南京沦陷前夕，爱国学生楚香雪协同地下党男友吴兵设局刺杀汉奸，却被暗恋自己的大学同学梁冬哥无意撞破。梁不但错手杀死吴兵，更卷入一起军事泄密的惊天大案，身陷死牢。南京失守，命悬一线的梁冬哥侥幸越狱，不明真相的他还救出了奄奄一息的狱友——汉奸特务李丙元。在逃亡路上，梁冬哥结识了对他一见钟情的女孩李婉，两人陷入日军魔爪后又被国民党特工队长楚立言所救。梁冬哥加入了这支抗日队伍，被训练为一名身怀绝技的特工。

影片讲述了康熙年间，天下时局动荡，内有吴三桂、耿精忠、尚可喜三方分裂势力蠢蠢欲动，反清复明情绪也暗流涌动；外有倭寇觊觎中华宝藏，趁乱混入中原。在国家内忧外患之际，少林义士洪熙官横空出世，并毅然加入天地会，为推翻残暴的统治，驱逐侵华倭寇，保卫家国而奉献自己的力量。

故事发生在上世纪初的香港，小喇叭（张卫健 饰）是一位正义感极强的青年，自愿加入水警队，为国家效力。一次偶然中，贺定国（谭耀文 饰）抓住了猖獗的海盗头子古豹，因此而成为了陆警总司令，他和小喇叭在一次行动中不打不相识，最终成为了肝胆相照的挚友。