前人类和普通人类的人种战争已经到了白热化的阶段，野野村组长去世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、世界（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八尺乌遮天蔽日，被欲望所支配与荼毒的世界迎来了毁灭时刻。

经过长时间的休整，治疗眼伤的濑文焚流（加濑亮 饰）终于随着当麻（户田惠梨香 饰）重返阔别已久的未详，只是此时来自公安部公安五课的市柳（でんでん 饰）和吉川（北村一辉 饰）握得实权，令濑文等人颇为气闷。与此同时，在市井算命的觉被一掌握瞬间移动能力的黑衣男子射杀，同时遇害的还有觉的保镖以及几名无辜市民。父母双双遇害而作为幸存者并且目击了黑衣人真实容颜的少女久远望（谷村美月 饰）便成为对方追杀的目标。为了保护小望，未详同仁通力合作，并持续追索黑衣人的真面目以及其背后的阴谋。在此期间，当麻也展示了其不为人知的SPEC。一场斗智斗勇的战斗拉开了序幕……

明治時代。江戸城開城を目前にして、天璋院・篤子（菅野美穂）に背中を押されるように大奥から戻って来たまる（池脇千鶴）は、ある日、大奥時代の見事な着物や記念写真などの大切な荷物の中から日記を見つける。そしていつしかまるの脳裏には、走馬灯のように、篤子との思い出や大奥での出来事が鮮明に甦ってくるのだった…。そんな思い出にふけっているまるのもとへ、思いがけない女性が訪ねて来る。しかも、元大奥総取締の瀧山（浅野ゆう子）と再会したという。その話を聞いたまるは…。一方、一陣の風のように、まるの目の前を颯爽（さっそう）と人力車で通り過ぎて行く洋装の女性がいた。篤子だった…。

时为19世纪中叶，世界各国正孕育着一场变革风潮，即使闭关锁国的日本也无法置身其外，拥有两百多年历史的德川幕府正渐渐走向终点。