经过厚生省官员白鸟圭辅（仲村亨 饰）和东城大学附属医院心理治疗内科的医生田口公平（伊藤淳史 饰）的全力奔走，日本终于引进了首台新型核磁共振成像（MRI）仪器“利维坦”。与此同时，某栋高级别墅地下室内，九人离奇死亡，其中则是厚生省中唯一支持白鸟引进利维坦的船桥审议官。高傲张扬的海归教授东堂文昭（生瀬胜久 饰）李勇刚组装好的利维坦查明死因，却也让白鸟对其产生怀疑。另一方面，在Ai中心举行研讨会前不久，田口收到一封威胁摧毁三头犬之塔——利维坦的恐吓信。在美丽记者别宫叶子（桐谷美玲 饰）的协助下，田口察觉这一系列事件很可能是对白鸟怀恨在心的樱宫堇（栗山千明 饰）所为。

在犯罪日益严重的当下，虽然吊儿郎当、无法依靠，可依旧凭借超越能力一万倍的自信守护着日本的和平，这便是我们所熟悉的警视厅公安部警部补矢部谦三（生濑胜久 饰）。时隔多年，矢部依然不改刚愎自用、谄媚自大的本性，此番在下属秋叶原人（池田铁洋 饰）的陪伴下，他即将迎来新的挑战。伴随新任警视总监御手洗（大和田伸也 饰）的上任，矢部也偶然结识了总监的女儿——尚就读小学却酷爱读书擅长推理的未来（畠山彩奈 饰）。凭借未来的帮忙，老练油滑的矢部不仅解决了一桩又一桩棘手的高智商犯罪，还搞到总监的弱点，使自己在警局内如鱼得水，游刃有余。