银魂完结篇即将上演，坂田银时（杉田智和 配音）在影院抓住一个盗录的电影小偷，谁知刺眼的白光之后，他却被带到一个颇有些陌生的世界。不远处的江户，曾经的繁华早已不再，高楼大厦已变成没有人居住的废墟。原来此刻银时正身处五年后的未来，过去的岁月里，名为“白诅”的神秘病毒恣意蔓延，导致世界濒临毁灭边缘。他在荒芜的街道见到了飒爽英姿的志村新八（阪口大助 配音）和武功高强的神乐（钉宫理惠 配音）。似乎未来世界的银时当初为调查白诅而意外死亡，新八与神乐继承了他和万事屋的遗址，与一切恶徒作战。

供职于西德艾斯勒纪念医院的日本人天马贤三被人称作“天才医生”，他的外科技术精湛，为人谦和，受到同事的羡慕和医患的敬仰。事业上，天马前途一片光明，为院长所看好；爱情上，院长的女儿爱娃与之相恋，如胶似漆。然而看似一切美好的天马却渐渐感到良心上的不安，他亲眼目睹院方为抢救重要人物而置病危的普通人于不顾，死者家属的指责和哭泣让天马备受煎熬。当这种两难抉择再一次到来之时，天马毅然选择抢救一个头部中枪的男孩。他牺牲了自己的事业和爱情，却换来一个可怕怪物的复活。在接下来的岁月里，天马和怪物约翰展开了斗智斗勇的游戏，一段尘封的历史慢慢被揭开……