主角在玩游戏时在电脑前睡着，醒来发现自己以游戏角色“亚克”为外型，穿着自己在游戏中的最强装备身处异世界，同时能使用游戏中除了本身职“天骑士”外转职前的所有职业技能。盔甲下的外貌更变成游戏中课金买下的“全身骨骼”。最初亚克抱着“被其他人发现会把自己当怪物消灭”的心态，然而却因无法对眼前恶行置之不理而救下了被强盗袭击的贵族小姐罗莲和女仆莉坦……

故事发生在私立学院的解谜部之中，井藤野乃叶（清水香里 配音）是解谜部的创始人，解谜部以解开世界各地难解之谜，参加全国高中生解密选手赛为目标活跃在校园之中。

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？

TVアニメ ヒプノシスマイク 第2期